Para cumplir con su misión, el CEGSS utiliza una metodología basada en la investigación-acción participativa (IAP). Esta consiste en lo siguiente:

 

• Sistematiza la experiencia local y organiza el análisis colectivo.

 

• Enlaza el análisis con la reflexión y la acción, organiza las experiencias, percepciones y hechos para generar nuevos aprendizajes y conocimientos.

 

• Convierte a las personas de comunidades excluidas en investigadores y agentes de cambio.