En el  2006, un grupo de  profesionales jóvenes, liderados por Walter Flores,  se unieron para  implementar un proyecto de investigación-acción participativa para aplicar un sistema de monitoreo de los servicios de salud en municipios rurales, partiendo de la premisa de la desconfianza entre la población y los servidores públicos es un remanente del conflicto armado vivido en Guatemala y las relaciones históricas de discriminación  y exclusión social.

Nuestra base es la ley  de Consejos de Desarrollo Urbano y Rural y el Código de Salud, con el proyecto promovemos que los ciudadanos se involucren en las políticas públicas y servicios de salud como una forma de acercar a los diferentes actores, generar diálogo, rendición de cuentas y contribuir a la gobernanza democrática del sistema de salud.

El proyecto presentó retos importantes y demostró el potencial enorme que existe en abordar los problemas de acceso a los servicios de salud y el desabastecimiento de insumos esenciales, por medio de la acción colectiva de la población rural que aprende sobre los derechos y obligaciones vigentes en el marco legal del país.

Crecimos desarrollando un trabajo académico con el compromiso de apoyar la capacidad de agencia de las poblaciones socialmente excluidas. Nuestros hallazgos y conocimientos los generamos a través de la investigación, para ser comunicados y vertidos en procesos de abogacía e incidencia política.

Nuestro proyecto de investigación los desarrollamos de forma aislada para convertirse en la intención de fundar una asociación civil para llevar a la práctica los propósitos, fue así como en enero de 2009 se funda el Centro de Estudios para la Equidad y Gobernanza de los Sistemas de Salud (CEGSS).

Desde su fundación hasta la fecha, en el equipo del CEGSS hemos crecido y expandiendo  el  horizonte de trabajo, que en la actualidad incluye colaboraciones internacionales y mantenemos el propósito original de que la investigación y el conocimiento son procesos colectivos que debe servir para contrarrestar la exclusión social y la discriminación en nuestras sociedades.