Para cumplir con su misión, el CEGSS utiliza una metodología basada en la investigación-acción participativa (IAP). Esta consiste en lo siguiente:

• Sistematiza la experiencia local y organiza el análisis colectivo.
• Enlaza el análisis con la reflexión y la acción, organiza las experiencias, percepciones y hechos para generar nuevos aprendizajes y conocimientos.
• Convierte a las personas de comunidades excluidas en investigadores y agentes de cambio.