En el año 2006, un grupo de  profesionales jóvenes, liderados por Walter Flores,  se unieron para  implementar un proyecto de investigación-acción participativa que buscó implementar un sistema participativo de monitoreo de los servicios de salud en municipios rurales.  Dicho proyecto partía de la premisa que dicra que la desconfianza entre la población y los servidores públicos es un remanente del conflicto armado vivido en Guatemala durante la segunda mitad del Siglo XX, así como de las relaciones históricas de discriminación y exclusión social que subyacen en todas las interacciones sociales. Basándose en la ley  de Consejos de Desarrollo Urbano y Rural y el Código de Salud, nuestro proyecto tenía la intención de promover el involucramiento ciudadano en las políticas públicas y servicios de salud como una forma de acercar a los diferentes actores, generar diálogo, rendición de cuentas y, en última instancia, contribuir a la gobernaza democrática del sistema de salud.

 Aun cuando el proyecto presentó retos importantes, también mostró el potencial enorme que existe en abordar los problemas de acceso a los servicios de salud y de desabastecimiento de insumos esenciales. A través de la acción colectiva de la población rural que aprende sobre los derechos y obligaciones vigentes en el marco legal del país, se nos hizo claro que se necesitaban desarrollar y adaptar marcos conceptuales para este trabajo, así como desarrollar enfoques metodológicos que permitieran continuar con este trabajo.

Agregado a la necesidad del trabajo académico arriba descrito, el grupo inicial buscaba llevar a cabo el tipo de trabajo que no separara lo académico del compromiso por apoyar la capacidad de agencia de las poblaciones socialmente excluidas. Además, era claro que los hallazgos y conocimiento generados a través de la investigación deberían ser comunicados y vertidos en procesos de abogacía e incidencia política.

   Lo anteriormente descrito sobrepasó un proyecto de investigación aislado para convertirse en la intención y lueog la acción de fundar una asociación civil que permitiera llevar a la práctica los propósitos arriba descritos.  Es así como, en enero del 2009, se fundó el CEGSS. Este incluyó originamente a Ismael Gómez, Ana Lorena Ruano, Denise Phé-Funchal, Raphael Zepeda, Carlos Quiñónez y Walter Flores.   Desde su fundación hasta la fecha, el equipo del CEGSS ha continuado creciendo y ha expandido su horizonte de trabajo, el cual incluye actualmente  colaboraciones internacionales. Asimismo, se ha mantenido firme en el propósito original de buscar que la investigación y el conocimiento sean procesos colectivos que deben servir para contrarrestar la exclusión social y la discriminación en nuestras sociedades.